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Commander Benjamin Sisko übernimmt das Kommando über die Raumstation Deep Space Nine, die sich in der Umlaufbahn des Planeten Bajor befindet, nachdem die cardassianische Besatzung abgezogen ist. Kurz nach seiner Ankunft wird in der Nähe der Station ein stabiles Wurmloch entdeckt, das den Alpha-Quadranten mit dem weit entfernten Gamma-Quadranten verbindet und die Station zu einem strategisch bedeutsamen Knotenpunkt macht. Sisko und seine Crew müssen die politischen Spannungen zwischen den Bajoranern, den Cardassianern und der Föderation bewältigen, während sie gleichzeitig neue Völker und Bedrohungen aus dem Gamma-Quadranten kennenlernen. Als das mächtige Dominion, ein autoritäres Imperium aus dem Gamma-Quadranten, auf den Alpha-Quadranten aufmerksam wird, eskaliert die Bedrohung zu einem umfassenden interstellaren Krieg, der die gesamte Föderation und ihre Verbündeten an ihre Grenzen bringt. Sisko muss dabei nicht nur als Kommandant der Station agieren, sondern wird von den bajoranischen Propheten, die im Wurmloch existieren, als religiöser Abgesandter anerkannt, was ihn in einen Konflikt zwischen seinen militärischen Pflichten und seiner spirituellen Rolle stürzt. Gleichzeitig kämpfen die Crewmitglieder mit ihren eigenen Herausforderungen: der Formwandler Odo sucht nach seiner Herkunft, der Trill Jadzia Dax ringt mit dem Erbe ihrer früheren Wirte, und der ehemalige cardassianische Spion Garak navigiert zwischen Loyalität und Exil. Im Verlauf des Dominion-Krieges werden Allianzen geschmiedet und gebrochen, während Sisko und seine Crew zunehmend schwierige moralische Entscheidungen treffen müssen, um das Überleben des Alpha-Quadranten zu sichern.

Die USS Voyager wird unter dem Kommando von Captain Kathryn Janeway in eine ferne Region der Galaxie geschleudert, den sogenannten Delta-Quadranten, der über 70.000 Lichtjahre von der Erde entfernt liegt. Dabei muss die Crew mit einer Gruppe von Maquis-Rebellen zusammenarbeiten, die ebenfalls in den Delta-Quadranten verschlagen wurde und nun an Bord der Voyager integriert wird. Gemeinsam versuchen sie, einen Weg zurück in den Alpha-Quadranten und damit zur Erde zu finden. Auf ihrer langen Reise begegnen sie immer wieder feindlichen Spezies wie den Kazon, den Vidiianern und vor allem den gefürchteten Borg, die zu einer ständigen Bedrohung werden. Die ehemalige Borg-Drohne Seven of Nine wird aus dem Kollektiv befreit und schließt sich der Crew an, wobei sie lernen muss, ihre Menschlichkeit wiederzufinden. Captain Janeway steht dabei vor der ständigen Herausforderung, die Prinzipien der Sternenflotte aufrechtzuerhalten, obwohl die Crew fernab jeglicher Unterstützung auf sich allein gestellt ist. Spannungen zwischen ehemaligen Maquis-Mitgliedern und der Sternenflotten-Crew sowie die Knappheit an Ressourcen stellen die Besatzung immer wieder auf harte Proben, während sie unbeirrt Kurs auf die Heimat halten.

Colonel Jack O'Neill führt zusammen mit dem Archäologen Daniel Jackson, der Astrophysikerin Samantha Carter und dem Jaffa-Krieger Teal'c das SG-1-Team durch das Stargate zu fremden Welten in der gesamten Galaxie. Ihre Hauptmission besteht darin, die Erde gegen die Goa'uld zu verteidigen, parasitäre Außerirdische, die sich als Götter ausgeben und ganze Zivilisationen unterjochen. Im Laufe der Zeit entdeckt das Team antike Technologien, schließt Allianzen mit anderen Völkern und deckt die Hinterlassenschaften einer längst verschwundenen Hochkultur namens die Antiker auf. Daniel Jackson gelingt es, das Geheimnis des Stargates zu entschlüsseln, und Teal'c wendet sich gegen seinen ehemaligen Meister Apophis, um für die Freiheit seines Volkes zu kämpfen. Nach dem Fall der Goa'uld treten mit den Replikatoren und später den Ori neue, noch mächtigere Feinde auf den Plan, die das Überleben der gesamten Menschheit bedrohen. Dabei muss das Team immer wieder schwierige moralische Entscheidungen treffen und persönliche Opfer bringen, während es versucht, die Erde und ihre Verbündeten vor der Vernichtung zu bewahren.